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细胞STR鉴定FAQ

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浏览:- 发布日期:2018-09-27 10:41:01【
据统计约30%细胞系被交叉污染或错误辨识,因使用了交叉污染或错误辨识的细胞而导致研究结论错误、结果不可重复。NIH、ATCC、Nature和Science等对此多次发出呼吁,要求研究者对细胞进行鉴定。STR基因分型已被ICLAC、ATCC等权威机构作为金标准应用于细胞鉴定。
什么是细胞STR鉴定?
细胞STR鉴定即通过STR(短串联重复)信息所建立细胞系的遗传特性。一旦细胞系的遗传特性被确立,细胞系就应该定期的检测,以防止出现细胞系被误认或交叉污染的情况。
为什么要进行细胞STR鉴定?
由于细胞系发生交叉污染或身份误认,可以导致实验数据的无效和数据的误导。NIH已发出公告,讨论细胞系鉴定的必要性,NIH、ATCC、Nature和Science等要求研究者对细胞系进行鉴定,越来越多的期刊要求文章发表前需提供细胞鉴定材料。
如何进行细胞STR鉴定?
细胞STR鉴定目前主要基于Promega GenePrint® 10系统。这种系统可以通过多重PCR结合荧光探针检测mobile365体育投注备用,对人源9个STR位点以及1个性别决定位点进行检测。下表为这些位点的具体的遗传信息。
什么时候需细胞STR鉴定?
  当实验室引入新的细胞系
 细胞来源于组织 – 原代细胞
 文章发表,国外期刊杂志要求
 细胞功能不正常
 实验室细胞常规定期检测
 细胞系表现不稳定或结果与预期差别较大
 细胞已连续培养2个月时,实验室细胞常规定期鉴定
 当实验室使用超过一种细胞系时,所有细胞系最好先鉴定以排除交叉污染的可能
如何提供鉴定样本?
 提供细胞样本:培养后的细胞进行离心,去掉上清培养液,沉淀冰冻保存,细胞数量大于10^6。细胞需要离心沉淀,并且竟可能去除上清培养基,沉淀冰冻保存。
 提供基因组DNA: ≥20μL, 浓度≥50ng/μL。
如何知道细胞系是否发生交叉污染了?
如果存在细胞系之间发生交叉污染,那么在进行STR位点检测的时候,多个位点会出现两个以上的峰。峰高值表示该等位基因的信号强度,理论上峰值与样本的DNA浓度有直接的关系。因此,存在交叉污染的混合细胞系中,其中一个位点中某些峰会明显高于其他的峰,其中大峰是属于混合细胞系中那个主要细胞系,而小峰则属于那个次要细胞系。值得注意的是,当发生两个或以上细胞混合的时候,检测结果看起来非常像细胞系的“遗传不稳定”——当一个细胞系存在亚群时,尤其是一些癌细胞系,由于遗传不稳定的存在,在一些位点的STR特性会不同。
如何进行数据库比对?
 Cell Line Integrated Molecular Authentication (CLIMA)
http://bioinformatics.hsanmartino.it/clima2/index.php
 American Type Culture Collection (ATCC)
https://www.atcc.org/en/STR_Database.aspx
 German Collection of Microorganisms and Cell Cultures (DSMZ)
http://www.dsmz.de/fp/cgi-bin/str.html
 NCBI BioSample.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/
如何判断细胞系是否正确?
收到细胞系鉴定结果以及STR信息,可以自行和参考数据库进行比对。如果细胞样本的每个STR位点和参考细胞STR位点都能重合匹配,即说明该细胞系正确,反之则说明你的细胞系可能被错误标记,交叉污染或发生遗传不稳定。
如果细胞系被鉴定出发生交叉污染或错误标记,则需要拿更早代数的细胞进行鉴定,从而找到问题的起源或者直接从可靠的机构购买一株新的细胞系。
如果细胞系没有在数据库中比对出结果怎么办?
如果已知数据库中没有找到你的细胞信息,你可以用自己的细胞遗传信息建立自己的遗传特性,以便后期进行自己细胞库的比对。
细胞系交叉污染或错误鉴定对研究是否有影响?
答案是肯定的。使用错误的细胞系或者是被污染的细胞系做研究,只会造成时间,金钱和精力的损失,以及造成实验结果的不一致和不可重复。因此如果用被污染或错误的细胞系做研究,在发表文章或做进一步研究时极有可能需要用正确的细胞再重复实验。

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